Thông tư được áp dụng kể từ ngày 1/3/2012, thay cho Thông tư 129/2008. Chính sách thuế GTGT mới này có rất nhiều thay đổi về đối tượng chịu thuế và không chịu thuế GTGT, về nguyên tắc và điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào, đồng thời quy định nhiều trường hợp kèm theo 52 ví dụ cụ thể.

Trích Điều 14. Nguyên tắc khấu trừ thuế GTGT đầu vào

- Tài sản cố định là ô tô chở người từ 9 chỗ ngồi trở xuống (trừ ô tô sử dụng vào kinh doanh vận chuyển hàng hoá, hành khách, kinh doanh du lịch, khách sạn) có trị giá vượt trên 1,6 tỷ đồng (giá chưa có thuế GTGT) thì số thuế GTGT đầu vào tương ứng với phần trị giá vượt trên 1,6 tỷ đồng không được khấu trừ.
- Thuế GTGT đầu vào phát sinh trong tháng nào được kê khai, khấu trừ khi xác định số thuế phải nộp của tháng đó, không phân biệt đã xuất dùng hay còn để trong kho. Trường hợp cơ sở kinh doanh phát hiện số thuế GTGT đầu vào khi kê khai, khấu trừ còn sót hoá đơn chưa kê khai, khấu trừ thì được kê khai, khấu trừ bổ sung; thời gian để kê khai, khấu trừ bổ sung tối đa là 6 (sáu) tháng, kể từ tháng phát sinh hoá đơn bỏ sót.

Trích Điều 15. Điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào

1. Có hoá đơn giá trị gia tăng hợp pháp của hàng hoá, dịch vụ mua vào hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng khâu nhập khẩu.
2. Có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hoá đơn hàng hóa, dịch vụ mua vào (bao gồm cả hàng hoá nhập khẩu) từ 20 triệu đồng trở lên.

Thông tư giải thích rõ:
- Chứng từ thanh toán qua ngân hàng được hiểu là có chứng từ chứng minh việc chuyển tiền từ tài khoản của bên mua sang tài khoản của bên bán mở tại các tổ chức cung ứng dịch vụ thanh toán theo các hình thức thanh toán như séc, uỷ nhiệm chi hoặc lệnh chi, uỷ nhiệm thu, thẻ ngân hàng và các hình thức khác theo quy định pháp luật;
Các chứng từ bên mua nộp tiền mặt vào tài khoản của bên bán là không đủ điều kiện để được khấu trừ thuế GTGT đối với hoá đơn từ 20 triệu đồng trở lên.

- Đối với hàng hoá, dịch vụ mua trả chậm, trả góp có giá trị hàng hoá, dịch vụ mua từ 20 triệu đồng trở lên, cơ sở kinh doanh căn cứ vào hợp đồng, hoá đơn giá trị gia tăng và chứng từ thanh toán qua ngân hàng để kê khai, khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào, đồng thời ghi rõ thời hạn thanh toán vào phần ghi chú trên bảng kê hoá đơn, chứng từ hàng hoá, dịch vụ mua vào;

Trường hợp chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng do chưa đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng, cơ sở kinh doanh vẫn được kê khai, khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào. Nhưng đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng nếu không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào, cơ sở kinh doanh phải kê khai, điều chỉnh giảm số thuế giá trị gia tăng đầu vào đã khấu trừ của giá trị hàng hoá không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Sau khi cơ sở kinh doanh đã điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ tương ứng với giá trị hàng hoá, dịch vụ mua vào không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng, cơ sở kinh doanh mới có được chứng từ chứng minh việc thanh toán qua ngân hàng thì cơ sở kinh doanh được khai bổ sung.